背景:
Blei的hlda的C语言实现需要使用C语言的科学计算包GSL,因此决定安装。由于在windows下安装极其繁琐,先在Linux上安装之。
系统环境:
Linux version 2.6.35-22-generic (buildd@allspice) (gcc version 4.4.5 (Ubuntu/Linaro 4.4.4-14ubuntu4) ) #33-Ubuntu SMP Sun Sep 19 20:32:27 UTC 2010
gsl安装过程
1, 下载 gsl-2.0.tar.gz http://ftp.club.cc.cmu.edu/pub/gnu/gsl/ 2, 安装 tar -zxvf gsl-2.0.tar.gz cd gsl-2.0 sudo ./configure sudo make sudo make install 执行最后一个命令之后会有很多现实,其中有: Libraries have been installed in: /usr/local/lib If you ever happen to want to link against installed libraries in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR' flag during linking and do at least one of the following: - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable during execution - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable during linking - use the `-Wl,--rpath -Wl,LIBDIR' linker flag - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf' See any operating system documentation about shared libraries for more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages. 一个是libgslcblas.so,libgsl.so的位置很重要,编译后的文件被扔到了这里,比如 /usr/local/lib;另一个重要的位置是 gsl_rng.h 这样的头文件所在的文件夹目录,比如/usr/local/include/gsl。如果想要查找他们,可以使用find / -name gsl_rng.h这样的命令。 3,使用gsl 用gsl写一个例子文件gsl_test.c,这个文件来源于http://www.mas.ncl.ac.uk/~ndjw1/teaching/sim/gsl.html
[cpp] view plain copy #include <stdio.h> #include <gsl_rng.h> #include <gsl_randist.h> int main (int argc, char *argv[]) { /* set up GSL RNG */ gsl_rng *r = gsl_rng_alloc(gsl_rng_mt19937); /* end of GSL setup */ int i,n; double gauss,gamma; n=atoi(argv[1]); for (i=0;i<n;i++) { gauss=gsl_ran_gaussian(r,2.0); gamma=gsl_ran_gamma(r,2.0,3.0); printf("%2.4f %2.4f\n", gauss,gamma); } return(0); } (1)第一反应是直接 gcc gsl_test.c
显示错误是:gsl_test.c:2: fatal error: gsl_rng.h: 没有那个文件或目录
(2)这个错误是说没有找到头文件,然后加上头文件的位置,gcc -I/usr/local/include/gsl gsl_test.c
显示错误是:gsl_test.c:(.text+0x12): undefined reference to `gsl_rng_mt19937' ...
(3)这个错误是说没有找到gsl_rng_mt19937的定义,查看了http://www.daniweb.com/software-development/cpp/threads/289812/cant-link-gsl-properly,这里说需要加上-lgsl,即链接到gsl,找到 libgsl.so.
使用命令:gcc -I/usr/local/include/gsl -lgsl gsl_test.c
(4)显示错误是://usr/local/lib/libgsl.so: undefined reference to `cblas_ctrmv'
查看了http://sourceware.org/ml/gsl-discuss/2003-q2/msg00123.html,是说错误是由于没有链接libgslcblas.so引起的,再加上-lgslcblas可以解决问题。
使用命令:gcc -I/usr/local/include/gsl -lgsl -lgslcblas gsl_test.c。
或者命令:gcc -I/usr/local/include/gsl -L/usr/local/lib -lgsl -lgslcblas gsl_test.c
(5)实测需要以下命令: gcc -I/usr/local/include/gsl gsl_test.c -lgsl -lgslcblas
这个时候出现了产出物a.out。
(5)运行a.out
./a.out 出现错误“段错误”
(6)查看源文件,发现还需要输入参数
./a.out 10
结果是:0.2678 6.96453.3488 1.68941.9950 2.1575-4.7934 6.1648-0.0782 4.02921.7871 11.6031-2.5931 7.76290.3634 1.3344-1.0965 11.16580.0142 3.5412
彻底搞定,done#
转自:http://blog.csdn.net/Waleking/article/details/8265008
由于论文数据处理的需要,需要使用libeemd这个包,需要安装gsl科学库,windows下没有办法,只能转战ubuntu进行科学计算。
GSL(GNU Scientific Library)作为三大科学计算库之一,除了涵盖基本的线性代数,微分方程,积分,随机数,组合数,方程求根,多项式求根,排序等,还有模拟退火,快速傅里叶变换,小波,插值,基本样条,最小二乘拟合,特殊函数等
当然最希望通过命令来安装GSL科学库。
方法一:
GSL源码包提供了以下二进制包:
gsl-bin:GNU Scientific Library (GSL) -- binary packagelibgsl0-dbg: GNU Scientific Library (GSL) -- debug symbols packagelibgsl0-dev: GNU Scientific Library (GSL) -- development packagelibgsl0ldbl: GNU Scientific Library (GSL) -- library package终端键入以下命令即可安装:
sudo apt-get install libgsl0ldbl说明:根据不同的需要选择安装不同的版本,使用 gsl-bin 将会安装所有的内容(gsl - bin 依赖 libgsl0ldbl)
方法二:
ubuntu自己编译源码(使用gsl1.6,windows上太麻烦折腾),解压后进入目录,执行:
./configure make make install这个过程需要几分钟。这里还有一点需要注意的是,执行 make install 时,会自动将动态库和头文件分别拷贝到/usr/local/lib和 /usr/local/include 下面,但如果这两个目录没有写权限,就无法创建此二目录,导致安装失败,此时改用 sudo make install或者手动去赋予权限,便能解决此问题。
说明:折腾一圈还是使用前者成功的。
sudo apt-get install libgsl0-dev
转载于:https://www.cnblogs.com/Baron-Lu/p/8454766.html
